第一條：為規范加工貿易進出口貨物報關計算機管理的操作，根據《中華人民共和國海關法》和有關法規、規定制定本操作規范。
第二條：加工貿易進出口報關計算機管理操作規范涉及到報關、審單、查驗、放行等環節和報關單核注。
第三條：本操作規范適用范圍：加工貿易（包括來料加工、進料加工以及外商投資企業開展的加工貿易）合同項下，從境外進口料件（或從保稅區、保稅倉庫中提取料件）、向境外出口產成品（或成品進入保稅區、出口監管倉庫）的進出口報關操作均適用于本規范。
第四條：總署規定的5000美元以下、78種客供輔料，因不核發《登記手冊》，不適用本操作規范。
第五條：加工貿易合同項下進出口貨物時，企業應按照《中華人民共和國海關進出口貨物報關單填制規范》填寫加工貿易進口或出口貨物報關單。
1、報關單上“備案號”欄內應填寫加工貿易《登記手冊》號碼；
2、一份報關單只能填報一本《登記手冊》項下的進出口保稅貨物，不得用一份報關單同時申報數個《登記手冊》項下的進出口保稅貨物；
3、企業所申報進出口貨物的序號、品名、計量單位必須與海關備案核發的加工貿易《登記手冊》上的進口料件或出口成品的序號、品名、計量單位一致。
第六條：若屬異地報關備案資料傳輸的加工貿易合同，由于合同備案主管海關進行異地報關備案資料傳輸時可控制傳輸資料內容（詳見《加工貿易異地報關備案資料計算機傳輸管理操作規范》的有關內容），計算機內報關備案資料與企業備案《登記手冊》資料會產生不完全一致現象，海關審單人員在核對《登記手冊》真偽時，對以下情況應視為正常現象：
1、計算機內備案資料中的有效期小于《登記手冊》上標注的備案有效期；
2、計算機內備案資料中的進口料件或出口成品項數少于《登記手冊》上標注的備案項數；
3、計算機內備案資料中的進口料件或出口成品數量少于《登記手冊》上標注的備案數量。
第七條：海關人員在核對《登記手冊》真偽時，對以下情況應視為異常現象：
1、計算機內備案資料中的有效期大于《登記手冊》上標注的備案有效期；
2、計算機內備案資料中的進口料件或出口成品項數多于《登記手冊》上標注的備案項數；
3、 計算機內備案資料中的進口料件或出口成品數量多于《登記手冊》上標注的備案數量；
4、 計算機備案資料中的進口料件或出口成品與《登記手冊》上的序號、品名、計量單位不一致。
第八條：使用加工貿易異地報關備案資料計算機傳輸后，由于計算機內合同備案資料對加工貿易《登記手冊》起到了防偽、核對作用，為加快通關速度，各口岸海關根據計算機異地傳輸的備案資料驗放加工貿易進出口保稅貨物，除第七條規定外，一般情況下不必向主管海關咨詢、核對《登記手冊》真偽。其他特殊情況確需核對《登記手冊》真偽的，必須經口岸海關主管關長批準。
第九條：保稅貨物報關放行后，計算機自動建立加工貿易合同的進出口“底帳”。屬本地報關的，計算機自動將報關單數據傳輸到加工貿易子系統中，對加工貿易《登記手冊》的進口料件或出口成品數量進行核注，建立“底帳”；屬異地報關的，口岸海關計算機通過衛星網絡按報關單“備案號”（即《登記手冊》編號）的第二至五位所屬關區代碼傳回各合同主管海關，主管海關計算機自動接收報關單數據，并對加工貿易《登記手冊》的進口料件或出口成品數量進行核注，建立“底帳”。
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