根據國家計委、財政部關于第二批降低收費標準的通知和國務院有關千方百計擴大出口的批示精神，為減輕企業負擔，改善投資環境，國家決定自1999年11月1日起，降低有關現有收費項目的收費標準.降低收費的項目有：
進口商品退稅（關）手續費、車輛超時占用驗場費、貸物行李物品保管費、知識產權保護備案費4項收費在現行收費標準基礎上下調20%.
其中：1.進口商品退稅（關）手續費由50元/次降為40元/次；2.車輛超時占用驗場費由20元/車.次（2-5小時，含5小時）、50元/車.次（5小時以上）分別降為16元/車次（2-5小時，含5小時）、40元/車.次（2-5小時含5小時）;3.貨物行李物品保管費由1-10元/日.件降為0.8元-8元/日.件，貴重物品如文物、精密儀器、金銀制品及其他價格極高（人民幣5000元以上）或需特殊保護物品扣留第一個月內由每日每件按其價值（以海關估算為準）的0.2%收取保管手續費降為每日每件按其價值的0.16%收取，一月以上至三個月以內由每日按估價的0.4%收取保管手續費降為每日按估價的0.32%收取；4.知識產權保護備案費由每件1000元降為每件800元.
監管區域外監管手續費、報關單位注冊登記、出口監管倉庫監管手續費、驗車費4項收費在現行收費標準基礎上下調50%.
其中：1.監管區域處監管手續費由每一關員每一工作日人民幣50元降為每一工作日人民幣25元；2.報關單位注冊登記手續費由30元降為15元；3.出口監管倉庫貸物監管手續費由貸物離岸價的0.5%向發貸人或其代理人收取降為按貸物離岸價的千分之二點五向發貸人或其代理人收取；4.驗車費由30至60元/車.次降為15至30元/車.次.
口岸管理費（國務院及財政部、國家計委批準的滿洲里、綏芬河、二連、憑祥、東興、畹町、瑞麗、河口和深圳九個路口），在現行收費標準基礎上全面下調30%.
其中：深圳陸路口岸建設管理費由40英尺集裝箱車輛每輛次11元（往返22元），其他車輛每輛次5.5元（往返11元）降為40英尺集裝箱車輛每輛次8元（往返16元），其他車輛每輛次4元（往返8元）；其他八個陸路口岸過貸管理費或口岸過貸管理費由向貸主收取0.6元/噸降為0.42元/噸.
涉及國家出入境檢驗檢疫局的具體為原進出口商品檢驗、進出境檢驗檢疫費和國境衛生檢疫等檢驗、檢疫費合并為出入境檢驗檢疫費，總體收費水平下調1/3.具體檢驗檢疫項目的降低幅度，依據成本變化民政部可以有所不同，具體收費標準，由國家計委會同財政部重新核定后，另文下達.在核減后的具體收費標準文件下發之前，所有進出口商品檢驗、進出境動植物和國境衛生檢疫的檢驗、檢疫收費一律按現行《國家計委、財政部關于發布進出口商品檢驗鑒定收費辦法及收費標準的通知》（計價格[1994]794號）、《國家計委、財政部關于發布進出境動植物檢疫收費管理辦法及收費通知》（計價格[1994]795號）和《國家計委、財政部關于發布國境衛生檢疫收費管理辦法及收費標準的通知》（計價格[1994]796號）規定收費標準的2/3比例收費.
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