（一）辦公廳（口岸規劃辦公室）
協助署領導研究擬定海關工作的方針政策和發展規劃，組織政策研究；負責綜合情況、審定文稿、溝通信息、組織會議、新聞宣傳、辦公自動化、督查督辦和文書檔案管理；研究提出各類對外開放口岸的整體規劃及口岸規范的具體措施并組織實施，組織協調口岸通關中各有關部門的工作關系。
（二）政策法規司
研究擬定海關法律、法規及實施辦法；研究擬定各類進出口管制政策的海關監管規章和進出口商品分類目錄并組織實施；指導、審理行政復議，指導行政應訴工作；受理知識產權海關保護備案申請，組織實施知識產權海關保護。
（三）關稅征管司
研究提出關稅和進口環節稅征收管理規章制度；管理進出口貨物完稅價格審定；組織實施國家關稅和進口環節稅減免；研究提出對特定地區、特殊貿易方式以及特殊商品的關稅征管規定并組織實施；組織實施反傾銷、反補貼措施；研究提出加工貿易、保稅倉庫、保稅工廠海關監督制度并組織實施；研究提出保稅區監督制度并組織實施。
（四）通關管理司
研究提出海關通關作業及進出口貨物通關管理的規章制度并組織實施；管理通關數據，監督通關作業運行；組織實施信息化管理；研究提出海關風險管理制度并組織實施。
（五）監管司
研究提出進出境運輸工具監管的規章制度并組織實施；研究提出進出境貨物及其相關港口、場站、倉庫等場所的查驗規范和監控制度并組織實施；組織實施企業和人員的海關注冊、登記及備案管理；研究提出進出境行郵物品、國家禁止或管制物品的監管規定井組織實施。
（六）綜合統計司
編制管理國家進出口貿易統計，開展進出口貿易統計分析，發布進出口貿易統計數據；編制管理海關業務統計，開展海關業務統計分析；組織協調和研究提出進出口商品原產地規則。
（七）調查局（全國打擊走私綜合治理辦公室）
研究提出打擊走私工作方針、政策及海關稽查、查緝走私違法行為的規章制度；統一負責打擊走私工作，組織查處走私案件，組織管理打擊走私違法行為的情報工作；審理提出走私、違規大要案的處理意見，組織大要案、跨關區案件的調查及毒品查緝；組織聯合緝私行動，開展國際反走私合作；組織實施專項稽查和常規稽查。
（八）走私犯罪偵查局
（九）國際合作司
負責海關系統的外事工作，開展與外國（地區）海關、國際海關組織及有關國際機構的交流與合作，管理國際海關多（雙）邊合作的有關事宜。
（十）人事教育司
研究提出海關人事教育的規章制度；管理海關機構設置、人員編制和工資福利，按規定權限管理海關干部；管理海關干部在職教育培訓、海關直屬院校和總署機關人事工作；負責對外開放口岸審理工作。
（十一）財務科技司
管理海關行政經費；管理海關稅費的收繳入庫；組織管理海關財務會計、基本建設和國有資產；研究提出海關科技發展規劃并組織實施；組織辦理海關科技進步獎勵工作；管理海關科技裝備、儀器和制服等。
（十二）機關黨委（思想政治工作辦公室）
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