1.前期調研階段
中國海關從20世紀90年代初開始EDI應用的研究工作。主要是通過廣泛地參加國際組織的各種研討會和工作會議，對世界范圍內的EDI應用現狀和發展動態進行研究。開始是概貌了解，然后逐步深入，最后基本掌握了實施EDI應用的關鍵技術。比如通過參加世界海關組織（WCO）每年一次的IT工作會議，著重對美、英、澳、日等國家海關的EDI通關系統進行比較研究。20世紀90年代初，中國海關正值全力以赴地推廣應用面向海關業務管理的報關自動化系統，而上述國家海關已先后進入EDI通關系統的開發和應用時期，這對我國海關是一個很大的啟示，認識到海關IT應用的發展方向應是無紙化的EDI通關。
2.研制開發階段
1992年9月海關總署辦公會議做出決定，批準EDI通關系統工程正式立項，為此成立了由署領導親自掛帥的EDI工程領導小組，并從全國海關抽調了30余名計算機與海關業務專家組成了工程組。工程組于1993年3月完成EDI通關系統所需14個EDIFACT標準報文子集的制訂工作，7月完成系統總體技術方案設計，9月開始至1994年1月，只用5個多月的時間完成了用于普通貨物通關的軟件設計。隨后于1994年11月完成了用于快遞貨物通關的軟件設計。1995年1月完成了基于微機平臺的普通貨物通關軟件設計。EDI通關系統按運行平臺分，有基于ALPHA服務器和INTEL服務器兩種；按適用范圍分，有適用于普通貨物（海陸空運）和快遞貨物（空運）兩種；從EDI應用深度看，有僅限于貨物進出口申報業務的，也有用于貨物進出口申報、審單、放行業務的。
3.試點應用階段
在海關總署的統一部署下，EDI通關系統的試點應用工作，于1994年4月首先在北京首都機場海關進行，9月起在上海浦東外高橋保稅區海關進行。起初僅用于普通貨物進出口的通關。隨著快遞貨物EDI通關系統的開發成功，1994年底和1995年初又將該系統分別投入到上海虹橋機場海關和北京首都機場海關使用。
4.推廣應用階段
EDI通關系統在兩個海關試點成功后，海關總署開始有計劃地進行推廣。到1997年底，已開通EDI通關業務的有北京、上海、廣州、深圳、珠海、杭州、寧波、青島、大連、廈門、福州、鄭州等口岸的十余個海關。EDI通關企業已近500家，系統處理的普通貨物進出口日報關單量約占全國總數的20%；系統處理的空運快遞貨物進出口占全國總數的80%以上。
5.向電子商務發展階段
在許可證、進出口結付匯、出口退稅報關單核銷方面：海關總署于1998年8月組織開發了進出口報關單聯網核查系統。該系統利用中國電信公共數據網，采用WWW服務器技術，具有身份論證，數字簽名，數據密押，傳輸加密以及跟蹤審計等一整套安全保密措施。系統已于當年9月開始逐步推廣使用。首期投入應用的是國家外匯管理部門和銀行對企業進出口結付匯報關單的核查業務。系統用戶包括國家外匯管理局及各地方分支局、國內所有經營外匯售收業務的銀行單位以及進出口企業。開通國家稅務局對企業出口退稅的報關單核查、外經貿許可證管理部門對企業進出口許可證報關單核查等業務。該系統是國內第一個在全國范圍內推廣應用并取得實際應用效果的電子商務應用系統。
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